蛋白质、DNA和PDF是与基因表达密切相关的3个元素。其中蛋白质是最常见的分子构建部件，DNA是基因组的基础，PDF则是蛋白质的操作符，这三者可以结合构建出完美的关系。
蛋白质是构建有机生物的构建部件，也是维持生命活动最基本的单位。它主要由氨基酸按一定的次序长链排列而成，根据排列次序不同，蛋白质又可分为组氨酸蛋白质，胆碱酸蛋白质，核酸蛋白质，多肽蛋白质等。蛋白质可以与其他分子形成复杂的结构，从而发挥重要的作用，控制着有机体生命活动的每个方面。
DNA则是基因组中最重要的一部分，其主要包含了检测识别特定信息的核苷酸组成，它具有含有有机体发育和活动信息的特性，因此被称为“生命秘密”，而且DNA结构中A、T、G、C等核苷酸的排列不变也是遗传信息传递的基础。
PDF是一种蛋白质的操作符，它的功能是“唤醒”蛋白质的存在，让蛋白质从“睡眠状态”变成“活性状态”，在一定的条件下触发蛋白质发挥功能。PDF即“启动子”，能精确控制基因表达，触发蛋白质的存在，由此造就有机体运作的基础。
从这三者的作用来看，可以发现它们之间是完美自然的关系，蛋白质提供有机体材料，DNA提供有机体的原始信息，而PDF则是它们之间的操作符，把蛋白质和DNA之间的结合变成可以使用的状态，从而完成基因表达的整个过程。
从细胞到器官，从生物活动逐步发展，只有蛋白质、DNA和PDF三者的完美联合，才能建立全面的基因表达，实现有机体运行发展的目标，这是它们之间完美关系的体现。
由此可见，蛋白质、DNA和PDF之间的关系不能单独被认定为一个问题，而是一个相互影响的过程。它们在基因表达时必须有机会结合，才能真正发挥它们的功能，并最终实现有机体的运作和发展。
